自身问题缠身
轮候周期过长。从目前的状况来看，提出申请，备案，直到摇号，入住，平均耗时需一年以上。同时由于政府加强了对保障性住房的审核力度，因此如果在轮候期内，个人的财物状况和资产情况发生变化，就有可能被取消轮候资格。
投机心理严重。同一地段的保障性住房和商品房每平米价格会相差近万元，如此大的利差，在一定程度上也吸引了投机分子采取各种手段获取保障性住房，这无疑加剧了保障性住房供不应求的局面。申请的人越来越多、轮候的人越来越多，供求矛盾也就愈加突出。
分配不公。近期由于国家机关工作人员在保障性住房中摇中的比例过高，部分民众认为保障性住房已经变相成为公务员的福利分房，有媒体更是指出北京保障房已成为公务员享受公权的通道。对保障性住房分配不公的质疑一直都存在，在楼市热潮中，质疑之声也就越大。
另外，目前除廉租房外，所有保障性住房的身份都可以变为商品房，即以相对低廉的“保障房”价格买入最终却可以拥有价格不菲的商品房待遇，如出售，将给最初持有者带来丰厚的利润。
保障性住房的实际存量不高，不能真正完成保障的任务。由于保障的身份可以转变，因此保障房的供应如同向一个漏水的水桶注水，即便是供给不断，也无法注满。
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